EndNote，很贵、格式兼容性一般，有些卡慢；无性价比（盗版不算）。
ReadCube Papers，贵、兼容性好、功能多、PDF 功能强，新版（ver. 4）功能异常强大。
Mendeley，免费，兼容性好，功能也不少、导入功能强大，且去重功能很好。
Zotero，免费，兼容性好，导入功能强大，去重功能强大，PDF 功能一般;。
JabRef，免费，导入的索引格式兼容性最强，其他功能一般般。
小结: 推荐 Mendeley 或 Zotero，日常够用；JabRef 作索引格式转换时的应急备用。不差钱的吐血推荐Papers。